肝素保胎原理是肝素抗凝，以及有抗血栓形成的作用，可以改善子宫部位的血液供应，有利于胎盘及胎儿供血情况的改善。
还有一定的调节免疫力的作用，可以降低血管损伤引起的先兆性流产的风险。
如果孕妇有凝血、抗凝和纤溶系统功能失调或障碍，机体就会出现高凝状态，影响子宫胎盘循环而导致胎盘的微血栓形成，引起胎盘灌注量的下降，从而引起胎盘组织缺血、绒毛梗死、蜕膜血管坏死，胎儿和母体间的物质交换受阻，就可以导致流产、早产、子痫前期等。
而肝素是抗凝剂，可以对抗这种高凝状况，改善子宫胎盘循环，增加胎儿的血运，从而达到保胎的目的。还可以用于习惯性流产或者复发性流产。